В Harvest Moon: A New Beginning игрок оказывается в совершенно заброшенной деревне, в которой не осталось ни одного жителя. Восстанавливая былое величие поселения, игроку предстоит столкнуться со многими трудностями, прежде чем жители начнут возвращаться назад.
Впервые за всю серию Harvest Moon игрокам дается возможность полной кастомизации персонажей – можно сменить пол, цвет кожи, прическу, а также выражение лица. У местного портного можно заказать новый наряд.
Возможности кастомизации города также были значительно расширены. Теперь можно менять расположение полей возле ферм, возводить дополнительные пристройки, а также обустраивать внешний вид городка, добавляя растения и уличные лавочки. Кроме всего этого появилась возможность украшать стены домов картинами и другими декоративными предметами интерьера.
На фермах появилась возможность выращивать лам и яков, также серьезно расширен выбор зерновых для посевов.